Quais os principais fatores de ameaça?

Os principais fatores que levaram ao declínio da espécie prendem-se com a perseguição, a perturbação e a perda de locais de reprodução, mas igualmente com a poluição das águas. Também em Portugal a perseguição direta e a perturbação dos locais de nidificação parecem ter conduzido à diminuição da população reprodutora.
Na Costa Alentejana onde se encontravam os últimos casais, a introdução do perímetro de rega alterou profundamente o planalto litoral, anteriormente isolado. O incremento agro-pecuário sofrido trouxe consigo um aumento da presença humana, intolerável para a espécie. A caça ao Pombo-das-rochas (Columbia livia), através de uma linha contínua de abrigos para caçadores ao longo da costa, representou uma verdadeira ameaça, já que implicou o abate de águias pesqueiras. Também a pesca à linha tem aumentado desmesuradamente, de forma que os pesqueiros explorados ocupam todos os locais potencialmente ideais para a instalação de novos casais.
O último registo de nidificação por parte da espécie em Portugal ocorreu em 1996.